１階はこどもの本の店・童話館のフロアーです。
こどもの本の専門店・童話館は、１９８１年に創業し、童話館グループの母体となりました。その後、祈りの丘絵本美術館のオープンにともない、長崎市中心部から、その一階へ移転しました。

一冊、一冊、ていねいに選ばれた絵本・こどもの本が、シックな書棚に居ずまいを正し、人々の手に迎えられる時を待っている・・・。童話館グループの原点は、つねに、ここにあります。

また、絵本・こどもの本は、一般の本とちがって、新刊に重きをおきません。むしろ、古いものにこそ、子どもにとって、ふさわしい作品が多いものです。来館された、若い人や子育てを終えたご夫婦から、なつかしそうな声が聞こえるのは、それぞれの思い出の絵本・こどもの本に、この場で再会するからでしょう。

絵本・こどもの本が、およそ4,000点、10,000冊用意されています。

フロアーには、美術館の企画展のフェアーやポスター、絵本からうまれたポストカードやグッズ、また、ヨーロッパで長く愛されているおもちゃのコーナーがあり、ミュージアムショップとしても利用できます。

こちらは入場無料で自由に入館できます。

２階、３階が美術館のフロアーです。
美術館では、所蔵している国内外の絵本の原画による常設展や、企画展を開催します。
絵本の絵は簡明な美しさに満ちています。

世にある多くの絵本が、必ずしも鑑賞にたえるものとはいえません。それでも、一部のすぐれた絵本は、お話と絵の両輪によってつくりあげられた芸術です。絵本の練りあげられたお話は、文学と呼ぶに値しますし、絵は、一枚の絵画として美術の高みにあります。

『祈りの丘絵本美術館』は、美術の小道を通って絵本の世界へご案内します。

３階の一角には、およそ500冊の選びぬかれた絵本のコーナーがあり、入館者は自由に楽しむことができます。

絵本のコーナーの隣は、集いのコーナーです。絵本の大切さを伝えたり、小さなコンサートなどが開催されることもあります。